Né en 1976, Jean-Baptiste Fonlupt débute le piano à l’âge de 6 ans avec Jeanine Collet et Christian Bernard au Conservatoire de Grenoble. A l’âge de 13 ans, il remporte le concours du Royaume de la Musique et joue le 1er concerto de Mendelssohn avec l’orchestre Colonne à la Maison de la Radio à Paris. Un an plus tard, il remporte le 1er prix du concours Steinway Jeunes Talents, grâce auquel il joue en soliste au Théâtre des Champs-Elysées.
En 1991, il est admis à l’unanimité au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Bruno Rigutto. Il se perfectionne par la suite auprès de Georges Pludermacher, de la pianiste russo-géorgienne Elisso Virssaladze puis du pianiste allemand Michael Endres à Berlin.

Passionné par tous les types de répertoire, de JS Bach à la musique contemporaine, sa discographie témoigne aussi d’une attention particulière pour le répertoire moins connu : il a gravé des pièces rares de Franz Liszt (3 Apparitions, Klavierstück, Impromptu..) ainsi que des sonates de Carl Philipp Emanuel Bach. En 2014, il enregistre un disque consacré à Chopin pour lequel il est « Révélation 2014 » au Festival Chopin de Nohant. Il sort en 2016 un nouvel enregistrement dédié à Robert Schumann (Variations Abegg, Arabesque, Novellettes no.2, 7 & 8, les Chants de l’Aube, Geistervariationnen).

Il se produit dans des festivals en France et à l’étranger, dont récemment Liszt en Provence, le Cloître des Jacobins, Solistes à Bagatelle, Piano en Valois, les Lisztomanias de Châteauroux, l’Esprit du Piano à Bordeaux, le Festival Chopin de Nohant, au Festival dei due Mondi à Spoleto (Italie) et au Contemporary Piano Faces au Théâtre Mariinsky à Saint-Petersbourg (Russie). 
Il a joué dans des salles prestigieuses telles que le Konzerthaus de Berlin (Allemagne) et le Konzerthaus de Vienne (Autriche). Il a été invité à Caracas, Venezuela, comme soliste pour la création en première mondiale de Anamorphoses pour piano et orchestre du compositeur Joseph-François Kremer, avec l’Orchestre Simon Bolivar sous la baguette du chef Christian Vasquez. Ce concert est régulièrement diffusé sur la chaîne musicale Mezzo.

Ses disques sont diffusés sur les ondes : à l’émission Portraits de famille présentée par Philippe Cassard, à Carrefour de Lodéon et Plaisirs d’amour présentés par Frédéric Lodéon, à l’émission En pistes ! présentée par Émilie Munera et Rodolphe Bruneau-Boulmier.